Au Moyen Âge, la pêche est une activité marginale pratiquée par quelques locaux pour leur subsistance, comme en témoignent les quelques droits de pêche accordés au XV^e siècle. La ville est alors avant tout une place forte, davantage tournée vers des ambitions militaires. En 1687, deux bateaux sont armés pour la chasse à la baleine, mais l’activité est fortement concurrencée par les équipages basques et disparaît à la fin du XVII^e siècle. La pêche tend à s’intensifier au XVIII^e siècle, notamment après la construction du bassin du Commerce. Barfleur reste néanmoins le principal port de pêche du Cotentin et concentre 255 pêcheurs, contre 123 à Cherbourg. L’activité est exclusivement côtière et se pratique avec des embarcations modestes.

Au XIX^e siècle, l’activité du port du commerce augmente considérablement. Un marché aux poissons est construit par l’architecte Louis-Pierre Le Sauvage, en 1832, sur le quai ouest de l’avant-port. Néanmoins, jusqu’au début du XX^e siècle, l’activité évoluera assez peu à Cherbourg et le nombre de bateau stagnera.